Du wechselst dein Dateisystem von FAT auf NTFS z.B. mit PartitionMagic/ähnlichen Programmen, oder manuell: Du baust die Platte in einen Windows 2000er-aufwärts-System ein, und formatierst sie da normal übern Explorer bzw mit dem letzten DOS was übrig ist
Du kannst mit 98 sowieso nicht auf NTFS zugreigen, geht glaub nur mit Zusatzprogrammen, also bleibt dir entweder mühsame, evtl. unpraktische Unterteilung oder zu wechselst das OS, dann erledigt dich die Sache bei der Installation.