Ich würde sowas ja in Latex (
http://de.wikipedia.org/wiki/LaTeX) schreiben. Das hat zwar nicht unbedingt eine intuitive Bedienung, aber wenn mans mal raus hat, gehts wesentlich schneller als Word und man hat auf jeden Fall deutlich bessere Ergebnisse.
Besonders empfehlenswert ist wohl für Windows Miktex (
http://de.wikipedia.org/wiki/Miktex).
Gerade für was längeres wie eine Magisterarbeit gibts Vorlagen und man muss sich überhaupt keine Gedanken mehr über die Formatierung machen. Ausgabeformat ist dann normalerweise pdf.
Dabei schreibt man das Dokument in einer Sprache, vielleicht ein kleines bisschen mit htmltags zu vergleichen, und daraus wird dann automatisch das fertige Pdf generiert. Ist halt kein wysiwyg.